พระสมุทรเจดีย์เป็นปูชนียสถานที่สำคัญ และเป็นสัญลักษณ์ของจังหวัดสมุทรปราการ ที่ชาวสมุทรปราการและชาวจังหวัดใกล้เคียงเลื่อมใสศรัทธา เริ่มก่อสร้างในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย แต่ก่อสร้างแล้วเสร็จเมื่อปี พ.ศ.2371 ในรัชสมัย พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว สมัยก่อนผู้คนส่วนใหญ่จะเรียกกันติดปากว่า พระเจดีย์กลางน้ำ เนื่องจากเดิมบริเวณที่ก่อสร้างพระสมุทรเจดีย์ เป็นเกาะมีน้ำล้อมรอบ
พระสมุทรเจดีย์องค์เดิมสร้างเป็นแบบย่อเหลี่ยมไม้สิบสอง ต่อมาพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จฯทอดพระเนตรสภาพทั่วไปของพระสมุทรเจดีย์ ทรงมีพระราชประสงค์จะสถาปนาให้สูงขึ้นไปอีก เพื่อให้เรือของชาวต่างประเทศที่เข้ามาจะได้แลเห็นพระสมุทรเจดีย์ จึงโปรดฯให้ช่างไปถ่ายแบบพระเจดีย์ลอมฟางที่กรุงศรีอยุธยา แล้วโปรดฯให้กรมหมื่นราชสีหวิกรม เป็นนายช่างจัดการก่อสร้างพระเจดีย์แบบลอมฟางครอบองค์พระเจดีย์เดิม นอกจากนี้ ยังทรงสร้างศาลาเก๋งจีน หอเทียน หอระฆัง พระวิหาร และพระพุทธรูปปางห้ามสมุทร พร้อมหลักผูกเรือริมน้ำรอบองค์พระสมุทรเจดีย์ และได้อัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุ 12 องค์ จากพระบรม มหาราชวัง แห่มาทางชลมารคบรรจุไว้ตามโบราณราชประเพณี ทรงมีพระมหากรุณาโปรดเกล้าฯให้มีการสมโภชเฉลิมฉลองอย่างยิ่งใหญ่ จนเป็นประเพณีสืบทอดมาจนถึงปัจจุบัน
โดยทุกปีในวันแรม 5 ค่ำ เดือน 11 จะมีพิธีอัญเชิญผ้าแดงแห่ไปรอบๆ ตัวเมือง และอัญเชิญผ้าแดงลงเรือแห่ไปตามลำน้ำเจ้าพระยาจนถึงอำเภอพระประแดง เพื่อให้ชาวอำเภอพระประแดงร่วมอนุโมทนา จากนั้นจึงอัญเชิญผ้าแดงกลับมาทำพิธีทักษิณาวรรตรอบองค์พระสมุทรเจดีย์ก่อนนำผ้าขึ้นห่มองค์พระสมุทรเจดีย์ ภายหลังจากประกอบพิธีห่มผ้าองค์พระสมุทรเจดีย์ จะมีพิธีเวียนเทียนรอบองค์พระสมุทรเจดีย์ เพื่อสักการะพระบรมสารีริกธาตุขององค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า 12 องค์ ซึ่งบรรจุอยู่ภายในองค์พระสมุทรเจดีย์ รวมทั้งเพื่อถวายเป็นพุทธบูชา โดยจะจัดขึ้นในวันแรม 8 ค่ำ เดือน 11 ของทุกปี